För att berätta om stadens historia måste vi börja ca 5 km norrut. Där låg för 1 500 år sedan platsen Uppsala, Svearikets maktcentrum och en viktig kultplats. Hit kunde man segla via Fyrisån, eller Salaån som den hette på den tiden. Det var en viktig plats för handel och tinget. Här finns fortfarande rester av tingshögen, där tingen möttes och där de skapade lagar och rättskipning.
Det var också här som tre kungar begravdes i varsin gravhög på 500-talet. Högarna med de karakteristiska kullarna är idag en symbol för Uppsala.
I början av 1100-talet blev Sverige kristnat. 1164 lades ärkesätet i det dåvarande Uppsala, som också blev det religiösa centret i Sveriges i ca 100 år. I mitten av 1200-talet ödelades nästan stadens domkyrka under en brand. Det, och det faktum att landhöjningen gjort Fyrisån nästan helt omöjlig att segla på så långt norrut, ledde till att ärkesätet flyttades till orten Östra Aros 5 km söderut. 1286 grundades det nya Uppsala. Uppsala blev Gamla Uppsala och Östra Aros blev Uppsala. En ny domkyrka byggdes och invigdes 1435.
