I början av 1100-talet blev Sverige kristnat. 1164 lades ärkesätet i det dåvarande Uppsala, som också blev det religiösa centret i Sveriges i ca 100 år. I mitten av 1200-talet ödelades nästan stadens domkyrka under en brand. Det, och det faktum att landhöjningen gjort Fyrisån nästan helt omöjlig att segla på så långt norrut, ledde till att ärkesätet flyttades till orten Östra Aros 5 km söderut. 1286 grundades det nya Uppsala. Uppsala blev Gamla Uppsala och Östra Aros blev Uppsala. En ny domkyrka byggdes och invigdes 1435.
Även det nya Uppsala blev en viktig handelsplats, men även en utbildningsstad när det första universitetet i norden, Uppsala universitet, grundades 1477. Här har världskända forskare som t.ex. Carl von Linné, Anders Celsius och Olof Rudbeck d.ä, verkat.
Karaktäristiskt för Uppsala är de raka gatorna. På 1600-talet var det mode att organisera städer i rutnät istället för de ostrukturerade gatorna från tidigare. Många hus revs, nya gator byggdes och Stora torget anlades, som är speciellt på grund av de slutna hörnen. Det här var det första torget i sitt slag som byggdes i Sverige då gatorna korsar varandra i mitten av torget medan husen möter varandra i hörnen, normalt är att gatorna följer torgens sidor.
Dagens Uppsala är en modern stad
Idag är Uppsala en modern storstad med småstadskänsla kvar. Här finns två universitet, ärkebiskopssätet inom Svenska kyrkan, ett spännande och rikt kulturliv och vacker natur. Staden är välkänd för sin framskridande forskning.
